Beretningen om dr. Samuel Fergusson, dennes tjener Joe og jægeren Dick Kennedy's farefulde færd i ballon fra Zanzibar på Afrikas østkyst via Victoriasøen, Nilens kilder, Tchadsøen og Timbuktu til Gouina-vandfaldene i det nuværende Mali. Undervejs overlever de bl.a. angreb fra vilde dyr, ligeså vilde negerstammers anfald, vulkanudbrud og sult og tørst.
"Fem uger i ballon" var Vernes første store succes.